مبنای تنظیم بودجه سال 1381 کل کشور، دستورالعمل تدوین آمارهای مالی دولت (GFS) است که توسط صندوق بین المللی پول تنظیم شده است. پس از این اصلاح و به منظور هماهنگی برای تحقق اهداف آن، تمام دستگاههای دولتی از جمله دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی موظفاند چارچوبهای جدید را رعایت کنند. با توجه به تفاوت ماهیت فعالیت مؤسسات آموزش عالی با سایر دستگاههای دولتی، در این تحقیق تأثیر اصلاح طبقه بندی اقلام بودجه کشور بر چگونگی بودجه بندی دانشگاههای وابسته به وزارت علـوم ، تحقیقات و فناوری با استفاده از روش پرسشنامه افتراق معنایی و آزمونهای مک نمار و من ویتنی مورد بررسـی قرار گرفته است. نتایج به دست آمده نشان میدهد که اصلاح طبقه بندی اقلام بودجه بر روشهای نظارتی بودجه دانشگاهها، شفاف سازی درآمدها و هزینه ها و روشهای برآورد درآمدها و هزینه های آنها اثر مثبت داشته است.